1.依據替代役實施條例第60條之1規定，進用研發替代役役男，於第二階段期間，每月應依進用員額向主管機關（內政部）繳納研發替代役研究發展費。（繳納費用基準依公告為準，金額調整時另行公告）。
(1)用人單位進用110年度(含)以後錄取具碩士學歷之研發替代役役男每人每月應繳納之研究發展費（以下以FM表示）：每名NT$ 4萬元。
(2)用人單位進用110年度(含)以後錄取具博士學歷之研發替代役役男每人每月應繳納之研究發展費（以下以FD表示）：每名NT$4萬6,000元。
2.繳納期間及計算方式：研究發展費採預繳制，繳納期間為役男第二階段服役期間，其始月或末月不足一月時，以實際服役日數所占當月日數比例核算應繳納之費用，役男經轉調、改服一般替代役、停役、回役或提前退役，致於用人單位服役日數不足一月時亦同。
(1)進用具碩士學歷之研發替代役役男未足月每人應繳納之研究發展費= FM x 當月實際服役日數 / 當月日數（小數點以下四捨五入）。
(2)進用具博士學歷之研發替代役役男未足月每人應繳納之研究發展費= FD x 當月實際服役日數 / 當月日數（小數點以下四捨五入）
※詳細研究發展費繳納標準，以公告之「研發替代役研究發展費及產業訓儲替代役產業訓儲費繳納標準」資料為準。（檔案下載路徑：請點選本網站首頁/業務資訊/法令規章，於該顯示區中點選「研發替代役研究發展費及產業訓儲替代役產業訓儲費繳納標準」檔案並下載。）

依替代役實施條例第60條之1第2款規定：「辦理研發替代役役男基礎訓練及專業訓練所需費用支出」，係運用研發及產業訓儲替代役基金支應。此乃基於研發及產業訓儲替代役基金取之於用人單位、用之於研發替代役役男之使用者付費原則。當役男經基礎及專業訓練後係服務於用人單位奉獻專長，促進用人單位研發能量及競爭力並延長其服務期限，與一般替代役役男協助公部門擔任輔助性勤務，服務期限較短有別。

1.用人單位於第二階段期間「按月繳納」研發替代役研究發展費，採預繳制。主管機關（內政部）於每月15日計算次月應繳及應退之研究發展費，用人單位請至研發替代役資訊管理系統依系統功能路徑查詢、下載及列印繳費通知單，繳費期限為次月5日以前繳納完畢，若遇繳納截止日期為例假日，則提前至前一工作日。（※系統功能路徑：以用人單位帳號／密碼或工商憑證登入資訊管理系統後，請點選【基金管理】;【研究發展及產業訓儲費】用人單位繳費作業。）
2.繳費方式包括：匯款、臺灣銀行臨櫃繳款、ATM繳費等，繳費通知單之銷帳編號採臺灣銀行電子化代收作業之非固定式虛擬帳號，由資訊管理系統依繳費年月及用人單位編號動態產生，用人單位請依個別月份之繳費通知單所載銷帳編號，分別進行繳費作業，不同繳費年月之繳費通知單不得合併繳納。
3.用人單位若未依規定於當月15日繳費期限前繳納足額研究發展費者，依「研發及產業訓儲替代役管理考核暨獎懲作業實施計畫」附件二：用人單位管考項目「一、制度運作管理面－應配合而不配合或未回覆事證－違反制度運作相關事宜－7.未遵循定期繳納研究發展費或產業訓儲費事證－依資訊管理系統每月研究發展費或產業訓儲費繳納狀況為依據，逐次登錄事證，各筆逾期繳納事證列計違規5 點。」
※詳細研發替代役研究發展費繳納作業說明，請參閱公告之「用人單位繳納研究發展費作業簡要說明)」。（檔案下載路徑：請點選本網站首頁/管理考核，於該顯示區中點選「用人單位繳納研究發展費作業簡要說明」檔案並下載。）

1.經主管機關（內政部）確認收款無誤，並E-mail通知用人單位後，請用人單位於資訊管理系統自行下載列印經電子簽章驗證之收據憑證，其操作路徑說明如下: 【登入系統;以帳號／密碼或工商憑證】【基金管理】【研究發展及產業訓儲費】【繳費查詢及收據列印】。
2.繳費收據所載金額為用人單位實際繳納研究發展費之金額。繳費收據開立之抬頭、通知傳遞電郵信箱地址及聯絡人資訊，將以資訊管理系統登錄之單位／公司名稱（全銜）、聯絡人電郵信箱地址及聯絡人為準。
3.若繳費收據開立相關資訊有異動時，請務必至資訊管理系統更新。

1.主管機關（內政部）於每月10 日、20 日、30 日執行稽催作業。
2.對於特定欠款事件應以郵政機構雙掛號為書面正式通知函送達方式，若該特定欠款用人單位於限期內仍未全額繳納，主管機關（內政部）並得依申請或依職權轉調役男至其他用人單位、或改服一般替代役，暨廢止其原分配員額或限制於一定期間內不得提出申請。
3.欠款限期繳納而逾期仍未繳清，或經准予依協議分期還款計畫如有任何一期未依限還款者，將移送法務部行政執行署所屬各地行政執行分署執行之。